Main code, two versions, 2 final version

Author: Andrea

e5v1.py

@@ -0,0 +1,126 @@
+
+"""
+Exercici 5: Andrea Morales
+
+- Fes un programa que mostri mutacions aleatòries d'una seqüència d'ADN a una pàgina html.
+- La seqüència està al fitxer dna.fasta.
+- Llegiu la seqüència del fitxer i genereu seqüències que tinguin una base (lletra) mutada aleatòriament.
+- Les seqüències han de ser úniques, no hi pot haver repetides.
+- Per generar la pàgina html, utilitzeu Jinja.
+- A la pàgina html la mutació de cada seqüència ha d'estar en vermell,
+  i la resta de lletres en color negre.
+- El programa només rep un paràmetre: el número de seqüències a generar.
+- El programa ha de rebre el número de seqüències des de la línia d'ordres.
+- **Poseu el vostre nom i número d'exercici al principi del vostre codi.**
+
+"""
+#--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
+#IMPORTS
+#--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
+import sys
+import random
+import engine
+from pathlib import Path
+#--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
+
+#--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
+#THE SEQUENCE
+#--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
+def get_fasta(filename: str) -> str:
+    '''Input: The path to a .fasta file.
+    Output: The contents of th .fasta file as a single string'''  
+  
+    all_lines: str = Path(filename).read_text().strip()
+    seq:       str = ''.join(all_lines.split('\n')[1:])
+    
+    return seq
+
+
+
+def mutate_seq(seq: str) -> str:
+    '''INPUT: A string of the hole sequence unchanged
+       OUTPUT: A str with the mutation'''
+
+ 
+    random_index: int = random.randint(0, len(seq)-1)
+    new_letter:   str = random.choice("ATCG")
+
+    before: str = seq[0:random_index]
+    after:  str = seq[random_index+1:]
+
+    mutated_seq: str = f"{before}{new_letter}{after}"
+
+    return mutated_seq
+
+def get_mutated_seq_list(num_seqs:int, seq:str)-> list[str]: 
+    '''INPUT:
+            num_seqs: Number of sequences
+            seq: The string of the sequence untoched
+        OUTPUT: A list of the number of the sequences given''' 
+
+    
+    mutated_seq_list: list[str] = [mutate_seq(seq) for _ in range(num_seqs)]
+
+    return  mutated_seq_list
+
+
+
+#--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
+#MAIN
+#--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
+
+def make_html_seq_list (num_seqs : int,
+                        template_filename: str,
+                        html_filename: str):
+    '''INPUT: 
+          num_seq: The number of sequences to create
+          template_filename: A path to the the template
+          html_filename: The name of the html file that will be written in disk
+       OUTPUT'''
+
+
+    #Variables
+    original:               str = get_fasta('example.fasta')
+    mutated_seq_list: list[str] = get_mutated_seq_list(num_seqs, seq)
+ 
+    #Fill template
+    template_str:  str = Path(template_filename).read_text()
+    vars_dict:    dict = {'original':original,'mutated_seq_list':  mutated_seq_list}
+    html_seq_list: str = engine.fill_template_str(template_str,vars_dict)
+
+    #Write html in disk
+    Path(html_filename).write_text(html_seq_list)
+
+def parse_command_line (command_line: list[str])-> tuple[str, str, str]:
+    
+  #Program name & program parameter
+  program_name:              str = sys.argv[0]
+  program_parameters:  list[str] = sys.argv[1:]
+
+  #Restriction
+  assert len(program_parameters) == 3
+
+  #List decostruction
+  num_seqs, template_filename, html_filename = program_parameters
+
+
+  return num_seqs, template_filename, html_filename
+
+
+
+#--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
+if __name__ == '__main__':
+    
+    seq: str = get_fasta('example.fasta')
+    mutated_seq: str = mutate_seq(seq)
+ 
+    #Terminal
+    #num_seqs, template_filename, html_filename = parse_command_line(sys.argv)
+    # make_html_seq_list(num_seqs, template_filename, html_filename)
+
+
+    #VSCODE
+    make_html_seq_list(3, 'template.html', 'index.html')
+
+ 
+

e5v2.py

@@ -0,0 +1,130 @@
+
+"""
+Exercici 5: Andrea Morales
+
+- Fes un programa que mostri mutacions aleatòries d'una seqüència d'ADN a una pàgina html.
+- La seqüència està al fitxer dna.fasta.
+- Llegiu la seqüència del fitxer i genereu seqüències que tinguin una base (lletra) mutada aleatòriament.
+- Les seqüències han de ser úniques, no hi pot haver repetides.
+- Per generar la pàgina html, utilitzeu Jinja.
+- A la pàgina html la mutació de cada seqüència ha d'estar en vermell,
+  i la resta de lletres en color negre.
+- El programa només rep un paràmetre: el número de seqüències a generar.
+- El programa ha de rebre el número de seqüències des de la línia d'ordres.
+- **Poseu el vostre nom i número d'exercici al principi del vostre codi.**
+
+"""
+#FINAL VERSION
+#ONLY LAST TO DO THE COMPROBATION OF REPEATED SEQUENCE
+#--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
+#IMPORTS
+#--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
+import sys
+import random
+import engine
+from pathlib import Path
+#--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
+
+#--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
+#THE SEQUENCE
+#--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
+def get_fasta(filename: str) -> str:
+    '''Input: The path to a .fasta file.
+    Output: The contents of th .fasta file as a single string'''  
+  
+    all_lines: str = Path(filename).read_text().strip()
+    seq:       str = ''.join(all_lines.split('\n')[1:])
+    
+    return seq
+
+
+
+def mutate_seq(seq: str) -> dict:
+    '''INPUT: A string of the hole sequences
+       OUTPUT: A dict with before, snp ,after'''
+
+ 
+    random_index: int = random.randint(0, len(seq)-1)
+    new_letter:   str = random.choice("ATCG")
+
+    before: str = seq[0:random_index]
+    after:  str = seq[random_index+1:]
+
+    mutated_seq: dict = {'before':before, 'new_letter': new_letter, 'after': after}
+
+    return mutated_seq
+
+def get_mutated_seq_list(num_seqs:int, seq:str)-> list[dict]:
+    '''INPUT:
+            num_seqs: Number of sequences
+            seq: The string of the sequence untoched
+       OUTPUT: A list of the number of the sequences given''' 
+
+    
+    mutated_seq_list: list[dict] = [mutate_seq(seq) for _ in range(num_seqs)]
+
+    return  mutated_seq_list
+
+
+
+#--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
+#MAIN
+#--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
+
+def make_html_seq_list (num_seqs : int,
+                        template_filename: str,
+                        html_filename: str):
+    '''INPUT: 
+          num_seq: The number of sequences to create
+          template_filename: A path to the the template
+          html_filename: The name of the html file that will be written in disk
+       OUTPUT'''                    
+
+    #Variables
+    original:               str = get_fasta('dna.fasta')
+    mutated_seq_list: list[dict] = get_mutated_seq_list(num_seqs, seq)
+ 
+    #Fill template
+    template_str:  str = Path(template_filename).read_text()
+    vars_dict:    dict = {'original':original,'mutated_seq_list':  mutated_seq_list}
+    html_seq_list: str = engine.fill_template_str(template_str,vars_dict)
+
+    #Write html in disk
+    Path(html_filename).write_text(html_seq_list)
+
+def parse_command_line (command_line: list[str])-> tuple[str, str, str]:
+
+
+  #Program name & program parameter
+  program_name:              str = sys.argv[0]
+  program_parameters:  list[str] = sys.argv[1:]
+
+  #Restriction
+  assert len(program_parameters) == 3
+
+  #List decostruction
+  num_seqs, template_filename, html_filename = program_parameters
+
+
+  return num_seqs, template_filename, html_filename
+
+
+
+
+
+#--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
+if __name__ == '__main__':
+    
+    seq: str = get_fasta('dna.fasta')
+    mutated_seq: dict = mutate_seq(seq)
+    
+    #Terminal
+    #num_seqs, template_filename, html_filename = parse_command_line(sys.argv)
+    # make_html_seq_list(num_seqs, template_filename, html_filename)
+
+
+    #VSCODE
+    make_html_seq_list(3, 'template2.html', 'index2.html')
+
+
+